نظام نهر النيل هو السمة المادية السائدة، وتصب جميع مجاري وأنهار السودان إما إلى النيل أو باتجاهه. وهي تدخل البلاد باسم النيل الأبيض (بحر الأبيض) في الجنوب الشرقي، على بعد حوالي 60 ميلاً (100 كم) جنوب كوستي، وتحافظ على انحدار منخفض للغاية حتى ينضم إليها النيل الأزرق (بحر الأزرق) في الخرطوم. يساهم النيل الأزرق، الذي يرتفع في الهضبة الإثيوبية، بالكثير من مياه الفيضانات في النيل الأبيض. بعد التقاء النيلين الأبيض والأزرق في الخرطوم، يتدفق النهر في مسار منحني كبير باتجاه الشمال ويعرف ببساطة باسم النيل (نهر النيل). ولكن في معظم أنحاء البلاد، لا تصل مياه الصرف إلى النيل؛ حيث تصل أنهار الجنوب الغربي بشكل غير منتظم إلى نظام بحر الغزال، وإلى الشمال تبدأ معظم مجموعات التلال في إنشاء مجاري مائية موسمية تضيع في السهول المحيطة.